Con la Constitución de 1999 y la Ley Orgánica de 2005 se eliminó la autonomía de las fuerzas, contenida en el decreto 288 del 27 de junio de 1958 emitido por la Junta de Gobierno, presidida por el Contralmirante Wofgang Larrazábal Ugueto.
Vicealmirante Jorge Miguel Sierraalta Zavarce (2000-2002)-
Nació el 03 de agosto de 1950 en Caracas. Se graduó en la Escuela Naval de Brasil y fue incorporado a la promoción CA Francisco Hernáiz (1971). Fue nombrado Comandante General del Componente Armada el 08 de febrero del año 2000, según resolución No. DG-5411 firmada por Ismael Eliézer Hurtado Soucre; hasta el 19 de abril de 2002, cuando recibió el cargo de Jefe del Estado Mayor Conjunto. Pasó a retiro en enero de 2003.
Vicealmirante Fernando Miguel Camejo Arenas (2002-2003)-
Nació el 04 de febrero de 1954 en Guarenas y egresó de la Escuela Naval con el grado de alférez de navío, ocupando el vigésimo noveno lugar en la promoción "JOSÉ PRUDENCIO PADILLA" del año 1975. El 18 de abril de 2002 recibió la Comandancia General del Componente Armada, según resolución No. DG-15605 firmada por José Vicente Rangel Vale.
Vicealmirante Ramón Orlando Maniglia Ferreira (2003-2004)-
Nació el 31 de agosto de 1952 en Caracas y egresó de la Escuela Naval con el grado de alférez de navío, ocupando el vigésimo segundo lugar en la promoción "JOSÉ PRUDENCIO PADILLA" del año 1975. El 29 de junio de 2003 recibió la Comandancia General del Componente Armada, según resolución No. DG-22635 firmada por José Luis Prieto. Durante su comando se construyó el remolcador Francisco de Miranda y se firmó contrato de adquisición de sesenta lanchas piraña. El 03 de septiembre de 2004 entregó el cargo para ocupar la Inspectoría General de la Fuerza Armada Nacional.
Vicealmirante Armando José Laguna Laguna (2004-2006)-
Nació el 15 de marzo de 1953 en Caracas y egresó de la Escuela Naval con el grado de alférez de navío, ocupando el vigésimo tercer lugar en la promoción "JOSÉ PRUDENCIO PADILLA" del año 1975. El 03 de septiembre de 2004 recibió la Comandancia General del Componente Armada, según resolución No. DG-28204 firmada por Jorge Luis García Carneiro.
Vicealmirante Benigno Remigio Calvo Díaz.
Nació el 15 de junio de 1954 y egresó de la Escuela Naval con el grado de alférez de navío, ocupando el vigésimo segundo lugar en la promoción "VA. LINO DE CLEMENTE Y PALACIOS" del año 1977. El 03 de septiembre de 2006 recibió la Comandancia General del Componente Armada.
ALMIRANTE ZAHIN ALI QUINTANA CASTRO. Nació el 08/07/1957 y egresó de la Escuela Naval con el grado de alférez de navío, ocupando el primer lugar en la promoción "CAPITAN DE FRAGATA FELIPE BAPTISTA" del año 1979. Ejerció el mando desde 2008 hasta 2009.
ALMIRANTE CARLOS MAXIMO ANIASI TURCHIO. Nació el 17/10/1960 y egresó de la Escuela Naval con el grado de alférez de navío, ocupando el trigésimo octavo lugar en la promoción "CONTRALMIRANTE JOSE EUGENIO HERNANDEZ" del año 1981. Ejerció el mando desde 2009 hasta 2010.
ALMIRANTE DIEGO ALFREDO MOLERO BELLAVIA. Nació el 12/01/60 y egresó de la Escuela Naval con el grado de alférez de navío, ocupando el quincuagésimo tercer lugar en la promoción "CONTRALMIRANTE JOSE RAMON YEPEZ" del año 1982. Ejerció el mando desde 2011 hasta 2012.
ALMIRANTE DIEGO ANTONIO GUERRA BARRETO. Nació el 09/10/1961 y egresó de la Escuela Naval con el grado de alférez de navío, ocupando el cuadragésimo primer lugar en la promoción "BICENTENARIO DEL NATALICIO DEL LIBERTADOR" del año 1983. Ejerció el mando desde 2012 hasta 2013.
